2020.11.02電子カルテ

電子カルテ導入の費用負担を大幅軽減！IT導入補助金2025の対象や申請手順を解説

医療DXが加速する近年、多くのクリニックにおいて電子カルテの導入が進められています。しかし、導入コストがハードルとなり、導入を迷っておられる先生方もいらっしゃるかもしれません。そこで強力な味方となるのが、国が中小企業や小規模事業者のITツール導入を支援する「IT導入補助金」です。この制度を活用することで、電子カルテ導入に伴う経済的な負担を大幅に軽減できます。また、令和6年度の診療報酬改定で新設された「医療DX推進体制整備加算」は、2025年4月からさらに要件が詳細化されており、電子カルテの導入は将来の収益を確保するための戦略的な一手となっています。

本記事では、電子カルテ導入に活用できる「IT導入補助金2025」について、対象となるクリニックの条件、具体的な申請手順、採択率を高めるためのポイントを網羅的に解説します。

IT導入補助金とは？
「医療DX推進体制整備加算」により電子カルテ導入がクリニックの収益に直結
クリニック向け「IT導入補助金2025」の概要
クリニックにおける補助対象と補助額シミュレーション
IT導入補助金申請から受給までの5つのステップ
採択率を高めるためのポイントと申請前の最終チェックリスト
電子カルテは診療において不可欠なインフラ
参考資料

IT導入補助金とは？

そもそも補助金とは、国や地方公共団体から事業者に給付される、基本的には返済不要の金銭です（規定に反する場合など、返還を求められる場合もあります）。国や自治体は政策を達成するために、それぞれの政策目標にマッチする事業について、金銭的な支援を行います。

補助金の財源は税金などの資金であるため、効率的かつ公正に給付されるような仕組みになっています。そのため、補助金は「申請すれば必ず受給できる」というわけではありません。受給目的に応じた審査があり、その審査で採択されることで、経費の割合や上限額の範囲の補助金を受給することができるのです。

IT導入補助金は、中小企業・小規模事業者等の労働生産性向上を目的として、ITツールの導入経費の一部を国が補助する制度です。※1

経済産業省・中小企業庁による支援制度で、2017年から実施が始まりました。IT導入補助金2025では、通常枠において単独申請可能なツールが拡大したり、導入関連費に加えてITツール導入後の「活用支援」が対象になったりと、その内容は毎年見直されています。※2

クリニックにおいて電子カルテを導入する際にも、IT導入補助金を活用できる場合があり、費用負担の軽減につながります。

「医療DX推進体制整備加算」により電子カルテ導入がクリニックの収益に直結

電子カルテの導入は、単なるコスト削減や効率化のツールではなく、クリニックの長期的な経営基盤を支えるための重要な投資です。その背景には、令和6年度の診療報酬改定で新設され、2025年4月より内容が更新された「医療DX推進体制整備加算」があります。※3

現在、医療DX推進体制整備加算は1～6の6段階が設定されており、医科の場合は初診時に最大12点を算定できます。クリニックにおいてこの加算を算定するためには、以下の施設基準を満たす必要があります。※3、4

オンライン請求を行っていること
オンライン資格確認を行う体制を有していること
医師が、電子資格確認を利用して取得した診療情報を、診察室・手術室・処置室等で閲覧または活用できる体制を有していること
電子処方箋を発行する体制または調剤情報を電子処方箋管理サービスに登録する体制を有していること（加算1～3のみ）
電子カルテ情報共有サービスを活用できる体制を有していること（経過措置は令和7年9月30日まで）
マイナ保険証の利用実績が一定の基準を満たしていること
医療DX推進の体制に関する情報を医療機関の見やすい場所およびWebサイト等に掲示していること
マイナポータルの医療情報等に基づき、患者からの健康管理に係る相談に応じること

特に、電子処方箋の発行（要件4）や全国の医療機関で診療情報を共有する電子カルテ情報共有サービスの活用（要件5）は、紙カルテのままでは対応が極めて困難です。2025年4月からは、電子処方箋の導入有無で加算点数に差がつくため、導入の有無がクリニックの収益に直接影響するようになったといえます。

引用元：厚生労働省. 4月1日までに、施設基準の届出直し・辞退が必要です ※4

このように、国は診療報酬という形で、医療DX、とりわけ電子カルテを基盤としたシステムへの移行を強力に後押ししています。この流れをふまえると、電子カルテを導入しないことは、将来にわたって得られるはずの継続的な収益源を放棄することを意味します。導入コストや新しいシステムに慣れるまでの負担などは現実的な課題ではありますが、機会損失とならないよう慎重に検討することが大切です。

IT導入補助金は、ソフトウェアの購入費用を補うだけでなく、クリニックが将来にわたって安定的かつ有利に経営を続けるための「戦略的投資」を可能にする制度なのです。

関連記事：令和7年4月改正！医療DX推進体制整備加算について

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クリニック向け「IT導入補助金2025」の概要

電子カルテ導入を検討しているクリニック側の視点で、IT導入補助金2025の概要について解説します。

補助対象となるクリニックの条件

多くの先生方が気にされているのは、「自分のクリニックは補助金の申請対象になるのか」という点でしょう。

医療法人の場合、IT導入補助金2025の補助対象となるための条件は非常にシンプルです。

「常時使用する従業員の数が300人以下であること」という条件を満たしていれば、IT導入補助金の申請対象となります。※5

実際に採択されるためにはさらに細かい条件がありますが、基本的には個人開業のクリニックから中規模の医療法人まで、幅広い医療機関がこの制度に申請することができます。

引用元：IT導入補助金2025. 申請の対象となる方より抜粋 ※5

クリニックに関連する主な申請枠

IT導入補助金にはいくつかの申請枠（フレームワーク）があります。電子カルテの導入をはじめ、クリニックに関連する可能性があるのは以下の3つです。

通常枠：ソフトウェアやクラウド利用料（最大2年分）など、幅広いITツールが対象
インボイス枠（インボイス対応類型）：インボイス制度対応に加え、ハードウェアも補助対象
セキュリティ対策推進枠：サイバーセキュリティ対策の強化を目的としたITツールが対象

クリニック向けの主要な申請枠の比較

申請枠	主な補助対象経費	補助率	補助額	クリニックにおける特徴
通常枠	ソフトウェア費、クラウド利用料（最大2年分）、導入関連費	1/2以内（ただし、最低賃金近傍の事業者は2/3以内）	プロセス数によって5万円～450万円	幅広く電子カルテソフトウェアをカバーするが、ハードウェアは対象外
インボイス枠（インボイス対応類型）	ソフトウェア費、クラウド利用料（最大2年分）、ハードウェア費（PC、タブレットなど）	ソフトウェア：補助額や企業規模により最大4/5以内ハードウェア：1/2以内	ソフトウェア：補助率や要件によって最大350万円ハードウェア：PC・タブレット等は最大10万円、レジ・券売機等は最大20万円	新規導入時に必須となるPCなどのハードウェア費用も補助対象となる点が特徴
セキュリティ対策推進枠	「サイバーセキュリティお助け隊サービス」利用料（最大2年分）	小規模事業者：2/3以内中小企業：1/2以内	5万円～100万円	電子カルテ導入と並行して、サイバーセキュリティを強化する際に活用可

出典：IT導入補助金2025. 通常枠、インボイス枠（インボイス対応類型）、セキュリティ対策推進枠をもとに作成 ※2、6、7、8

クリニックにおける補助対象と補助額シミュレーション

クリニックがIT導入補助金を活用する際の補助対象と、具体的な補助額のシミュレーションを解説します。自院の状況に合わせて最適な申請枠を選択することが重要です。

補助対象となる経費の詳細

申請枠によって補助対象となる経費は異なりますが、クリニックに電子カルテ等を導入する場合、主に以下のものが対象となります。

ソフトウェア

電子カルテやレセプト・会計・予約関連のシステムの購入費用のほか、クラウド型の場合は最大2年分のクラウド利用料が補助対象となります。業務プロセスの種別が定められており、1種類以上の業務プロセスを保有するソフトウェアを申請することとされています（汎用プロセスのみは不可）。プロセス数によって補助額が異なり、1プロセス以上の場合は5万円以上150万円未満、4プロセス以上の場合は150万円以上450万円以下です。また、最低賃金近傍の事業者に該当するかどうかで補助率が変わります。※6

ハードウェア（インボイス枠のみ）

受付のプリンターや精算機、会計用の端末など、主にレセプト・会計・予約関連のソフトウェアの使用に関連するハードウェアが補助対象となります。ハードウェア単体での申請はできず、必ずソフトウェアとセットで申請する必要があります。補助上限額はPC・タブレット等で10万円以下、補助率は1/2以内です。※7

導入関連費

IT導入支援事業者（ベンダー）によるコンサルティングや導入設定・マニュアル設定、導入研修、保守サポートなども補助対象に含まれます。※6、7

具体的な補助額シミュレーション

実際にどれくらいの費用負担軽減になるのかを見てみましょう。以下は、あくまで一般的な費用相場をもとに、IT導入補助金2025の補助金シミュレーターを使って試算した例であり、実際の補助額とは異なる場合があります。

【例1】最低賃金近傍の事業者に該当しないクリニックが通常枠を活用してクラウド型電子カルテを導入する場合**※6

導入費用内訳
- 電子カルテソフトウェア＋クラウド利用料（2年分）：2,000,000円
- 合計導入費用：2,000,000円
IT導入補助金2025の試算
- ソフトウェア分：2,000,000円 × 補助率1/2 = 1,000,000円
結果
クリニックの実質負担額は、2,000,000円 – 1,000,000円 = 1,000,000円となります。

【例2】最低賃金近傍の事業者に該当するクリニックが通常枠を活用してクラウド型電子カルテを導入する場合**※6

3か月以上、地域別最低賃金＋50円以内で雇用している従業員数が全従業員の30％以上いる場合は、最低賃金近傍の事業者に該当し、補助率が2/3に上がります。

導入費用内訳
- 電子カルテソフトウェア＋クラウド利用料（2年分）：2,000,000円
- 合計導入費用：2,000,000円
IT導入補助金2025の試算
- ソフトウェア分：2,000,000円 × 補助率2/3 = 1,333,333円
結果
クリニックの実質負担額は、2,000,000円 – 1,333,333円 = 666,667円となります。

このように、IT導入補助金を活用することで、一般的な電子カルテ導入の初期投資を大幅に抑えられます。

IT導入補助金申請から受給までの5つのステップ

IT導入補助金の申請プロセスは複雑で手間がかかりますが、信頼できる支援事業者を選び、手順を追って進めれば決して難しいものではありません。申請から受給までの全体の流れを、5つのステップに分けて解説します。

ステップ1：事前準備

申請手続きを始める前に、必ず完了させておくべき3つの準備があります。特に、1と2は申請の前提条件となるため、早めに取りかかることが重要です。

1. GビズIDプライムの取得

これは、さまざまな行政サービスにログインできる共通認証IDです。申請にはGビズIDプライムのアカウントが必要です。**取得までに2週間程度かかる**ことがあるので、計画的に取得を進めましょう。特に郵送の場合は注意が必要です。※9、10

2.SECURITY ACTIONの自己宣言

これは、独立行政法人情報処理推進機構（IPA）による、情報セキュリティ対策に取り組むことを自ら宣言する制度です。IT導入補助金の申請には「一つ星」または「二つ星」の宣言が必要です。宣言済アカウントのIDが発行されるまでには、2～3日または1週間程度かかることがあります。※9、10、11

3.デジwith「IT戦略ナビwith」の実施

デジwithは、以前のIT導入補助金では申請要件となっていた「みらデジ経営チェック」の後継となる仕組みです。IT戦略ナビwithから「IT戦略マップ」を作成して添付することで、IT導入補助金において加点を受けられる場合があります。加点を狙う場合は、事前に準備しておくことをおすすめします。※12

ステップ2：IT導入支援事業者との連携

IT導入補助金を申請する際は、事務局から認定された「IT導入支援事業者」（ベンダー）と共同で事業計画を作成し、提出する必要があります。※10

医療業界の特性と補助金申請プロセスの両方に精通した提供事業者を選ぶことで、補助金採択の成功確率を高めるだけでなく、先生ご自身の申請にかかる負担を軽減できます。

ステップ3：交付申請

IT導入支援事業者から「申請マイページ」へ招待されます。申請者である先生がクリニックの基本情報を入力し、事業者は導入するITツール情報や事業計画の詳細を入力します。双方が内容を確認後、事務局へ申請書を提出します。これで申請は完了です。

ステップ4：交付決定後の手続き

事務局による審査を経て、無事に採択されると「交付決定通知」が届きます。ここで、絶対に守らなければならない鉄則があります。

【最重要】交付決定前に、発注・契約・支払いを絶対に行わないこと

公募要領には、「交付決定前にITツールを契約、発注した場合は補助対象とならない。交付決定後に契約、発注を行うこと」と明記されています。つまり、**交付決定通知を受け取る前に行った契約や支払いは、すべて補助対象外になる**ということです。※13、14

IT導入補助金は「これから行うIT導入」を支援するためのものであり、過去の投資を遡って補填するものではないからです。このルールを知らずに先に契約してしまい、補助金が受けられなくなるケースは後を絶ちません。必ず交付決定通知を待ってから、電子カルテの契約・支払い手続きに進みましょう。

ステップ5：事業実績報告と補助金交付

電子カルテを導入し、支払いも完了したら、その証拠となる書類（契約書、請求書、支払証明など）をそろえて事務局に「事業実績報告」を行います。この報告が承認されると補助金額が確定し、確認・承認を経て、補助金が交付されます。※14

補助金は後払い（精算払い）である点を覚えておきましょう。

さらに、定められた期限内に「事業実施効果報告」を提出する必要もあります。期間内に報告がない場合や報告が完了しなかった場合などは、補助金の返還を求められることもあるので注意が必要です。※14

採択率を高めるためのポイントと申請前の最終チェックリスト

IT導入補助金は、申請しても必ず採択されるわけではありません。採択の可能性を最大限に高めるためのポイントを2つご紹介します。惜しくも不採択にならないために、「申請前の最終チェックリスト」もぜひご活用ください。

ポイント① 採択率の傾向を理解する

過去の採択結果を分析すると、「最終締切分は採択率が急激に低下する」という明確な傾向が見られます。

例えば、IT導入補助金2024の通常枠は、1次～6次の締切分まではいずれも75％以上の採択率でしたが、最終の第7次締切分ではわずか26.1％と非常に低くなっています。※15

そして、今年度は競争がさらに激化しています。IT導入補助金2025の1次締切分は2025年6月18日に交付が決定しましたが、通常枠申請数2,979件のうち交付決定数は1,511件と、採択率は50.7％にとどまりました。※16

前年度は序盤から75％を超える採択率だったことを鑑みると、今年度は審査がより厳しくなったことがうかがえます。

この補助金制度は年度ごとに予算が定められており、予算が消化されればその年度の公募は終了します。つまり、できる限り早い締切回に申請することが、採択を勝ち取るための最もシンプルかつ効果的な戦略です。

ポイント②申請を有利にする「加点項目」

申請内容の評価においては、特定の要件を満たしていると「加点」され、審査で有利になります。IT導入補助金2025では、11の加点項目が設定されています。クリニックに関連すると思われる項目を抜粋してご紹介します。※13

・導入するITツールとして、クラウド製品、サイバーセキュリティお助け隊サービス、インボイス制度対応製品を選定していること

・補助金申請額に応じた賃上げ計画の策定・実行

・交付申請前に、「デジwith」における「IT戦略ナビwith」を行っていること

・当該年度に「健康経営優良法人」に認定された事業者であること

・交付申請時点で、「えるぼし（女性活躍推進法に基づく認定）」または「くるみん（次世代法に基づく認定）」を受けた者

特に、「クラウド対応のITツールの導入」や「賃上げ計画の策定・実行」は、通常枠の申請対象や補助率にも関連するため、積極的に加点を狙いたい項目です。また、「健康経営優良法人」や「えるぼし」「くるみん」などの認定は、クリニックの従業員の働きやすさにもつながります。これらの項目を事業計画に盛り込むことができれば、他の申請者との差別化につながるでしょう。

申請前の最終チェックリスト

公募要領の確認不足や書類の不備といった初歩的なミスによって不採択とならないよう、以下のチェックリストを活用して提出前に最終確認を行いましょう。

不採択を避けるための最終チェックリスト

確認項目	注意点
GビズIDは「プライム」アカウントですか？	「エントリー」アカウントでは申請できません。
履歴事項全部証明書は発行から3か月以内ですか？	期限切れの書類は自動的に不採択となります。
SECURITY ACTIONの自己宣言は完了していますか？	必須の事前手続きです。
導入ベンダーはIT導入支援事業者として登録されていますか？	未登録の事業者とは申請できません。
導入する電子カルテはITツールとして登録されていますか？	未登録のツールは補助対象外です。
交付決定前に契約や支払いをしていませんか？	交付決定前のいかなるアクションも補助対象外となります。

電子カルテは診療において不可欠なインフラ

本記事では、電子カルテの導入に際して活用できる「IT導入補助金2025」について、その戦略的な重要性や具体的な申請フロー、採択されるためのポイントを詳しく解説しました。

医療DX推進体制整備加算への対応は急務であり、電子カルテは診療において不可欠なインフラです。IT導入補助金を最大限に活用すれば、その導入負担を劇的に軽減し、クリニックの未来への投資を加速させることができます。

当社はIT導入補助金の事務局に認定された「IT導入支援事業者」であり、電子カルテシステム「BrainBox」シリーズは通常枠の補助対象ITツールとして登録されています。「BrainBoxシリーズ」の補助上限額は、通常枠の「1プロセス以上（5万円以上150万円未満）」に該当します。

当社ページ：IT導入補助金2025

補助金申請のサポート経験が豊富なIT導入支援事業者に相談することで、先生ご自身の申請にかかる負担を軽減でき、採択の可能性を高めることにもつながります。なお、当社では、医療機関様がIT導入補助金へ申請される際のご案内やフォローを承っております。電子カルテの導入についてご興味がある場合は、ぜひお気軽にご相談ください。

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