2025.07.09電子カルテ

クリニックのための電子カルテ導入費用ガイド：IT導入補助金2025についても解説

電子カルテの導入はクリニックの運営において重要な投資ですが、導入費用の相場や決め手がわからず、悩んでおられる先生も多いかもしれません。本記事では、電子カルテシステムの導入費用の相場や変動要因、費用を抑えるためのポイントやIT導入補助金制度の概要について解説します。

電子カルテ導入費用の相場

電子カルテ導入の費用は、大きく「初期費用」と「運用コスト（ランニングコスト）」に分けられます。

初期費用

システム導入時にのみ発生する費用です。ソフトウェア購入費、ハードウェア購入・設置費、設定作業費、研修費、データ移行費（該当する場合）などが含まれます。

運用コスト

導入後に継続的に発生する費用です。オンプレミス型の場合は月額または年額の保守費用、クラウド型の場合は月額のシステム利用料、保守費用、クラウド利用料がこれにあたります。

その他、サポート内容に応じた追加費用や医療機器連携のための別途費用などが必要なケースもあります。

これらを踏まえ、まずはオンプレミス型とクラウド型それぞれの導入費用の相場を見ていきましょう。

オンプレミス型の導入費用の相場とは

オンプレミス型とは、院内にサーバーを設置して運用する形態です。

初期費用は、サーバーも含めた機器購入費、ソフトウェアライセンス費などが一括でかかるため高額になる傾向があります。機器の構成台数によりますが、200～500万円程度が一般的な相場とされて
います。

運用コストとして、システムの保守費用が月額2～4万円程度かかるのが一般的で、安定稼働のためのサポートやアップデートが含まれていることが多いです。ただし、「法改正対応は別料金」あるいは「都道府県や市町村の条例改正・新設に伴う公費対応は別料金」とする提供会社も少なくありません。

クラウド型の導入費用の相場とは

クラウド型とは、インターネット経由で院外のクラウドサーバーにアクセスしてシステムを利用する形態です。

初期費用は約10～数十万円程度、または初期設定のサポート内容や機器構成、データ移行の有無などによって100～200万円程度になることもあります。クリニック側で用意される端末の有無や、導入に際して必要なサポートの内容により変動します。

運用コストとして、システム・サーバー利用料、基本的な保守、システム自動アップデートなどが含まれるのが一般的で、月額は数万円程度となることが多いです。

なお、当社のクラウド型電子カルテは、データの安全性およびインターネット障害時の安定稼働のために、サブサーバーを標準装備としております。

関連記事：電子カルテドクターリポート 元町ペインクリニック様

オンプレミス型とクラウド型の特徴と費用比較

オンプレミス型は初期投資が大きくなる傾向にありますが、カスタマイズの自由度が高く、自院でデータを管理できる安心感があります。セキュリティに関しては、自院の責任で強固な対策を施せますが、その維持管理にかかる費用およびクリニック責任者の作業面の負担も考慮する必要があります。

クラウド型は、初期費用を抑えられる、基本的にはサーバー管理の手間がない、場所を選ばずにアクセスできるなどの利便性がある一方で、カスタマイズが一部制約されることがあります。システムの維持管理やアップデート、サポートにかかる費用が「月額利用料」としてかかりますが、多くはその範囲内で継続的な機能改善や最新技術への対応が期待できます。ただし、データを外部に預けることになるため、セキュリティに関してはベンダーの専門的なセキュリティ対策に依存することが多くなります。

オンプレミス型とクラウド型それぞれの特徴を理解し、自院の診療スタイルにマッチした、かつ予算に合う型式を選択するのがよいでしょう。なお、どちらの型式であっても、厚生労働省の「医療情報システムの安全管理に関するガイドライン」などに準拠したセキュリティ対策は必須です。

オンプレミス型 vs クラウド型　電子カルテ 費用比較

比較項目	オンプレ/ミス型	クラウド型
初期費用相場	200～500万円	約10～数十万円程度
月額費用相場	保守費 2～4万円	利用料 1～数万円

電子カルテの導入・運用費用を決定する要因

電子カルテの導入費用は、システム形態、機能、施設規模によって大きく変動します。必要な機能やカスタマイズの内容によって費用の幅が広くなるため、自院のニーズを明確に定義することが、最適なシステムを適正な費用で導入するための第一歩となります。電子カルテの導入・運用費用を決定する要因について解説します。

レセコン一体型か、分離型か

電子カルテがレセコンと一体型か、別途レセコンと連携させる分離型かによって費用は異なります。

一体型の場合、初期費用は高くなる傾向がありますが、カルテ入力からレセプト作成までのデータ連携がスムーズで、業務改善や運用効率の向上が期待できます。サポート窓口も一本化されるため、長期的に見るとメリットが大きい可能性があります。

分離型の場合、電子カルテ自体の導入費用は抑えられる傾向にありますが、レセコンの導入費用や連携費用が別途発生することがあります。特にORCA連携の場合、ORCAの利用料やサポート費用、電子カルテとの連携モジュール費用などを充分に確認しておく必要があります。

関連記事：電子カルテとレセコンについて　連携するメリットもご紹介

関連記事：医事会計一体型電子カルテ 分離型との違いをご説明

利用する人数や導入端末数による変動

電子カルテを利用する医師・看護師・医療スタッフの数や、同時にシステムにアクセスする端末数（ライセンス数）も、導入費用に影響します。一般的に、ライセンス数が増えるほど初期費用や運用コストは増加します。ライセンス体系は、「ユーザーライセンス（使用者ごと）」や「デバイスライセンス（端末ごと）」など、ベンダーや製品によって異なります。

自院の運用スタイルに合わせて最適なライセンス体系を選ぶことが、コストの最適化につながります。また、将来的に必要となるであろう追加ライセンスの価格や、追加の手続きなどを事前に確認することも重要です。

周辺機器の購入費用

電子カルテ本体のほか、プリンターやスキャナーといった周辺機器の購入にも費用がかかります。これらの機器は、クリニック側で用意できる場合もあれば、メーカーから機種を推奨される場合もあります。自院で調達すれば費用を抑えられることもありますが、推奨スペックや互換性、故障時の保守費用などを事前に確認する必要があります。

他社医療機器・システムとの連携

検査機器（心電計、エコーなど）、画像ファイリングシステム（PACS）、他の院内システム（予約、自動精算機、オンライン資格確認、電子処方箋など）、医療機器との連携には別途費用が発生するのが一般的です。費用は連携双方で発生する場合もあり、特に既存の機器を活かしたい場合は、連携の可否と費用を詳細に確認する必要があります。

カスタマイズ

基本的にはパッケージソフトウェアなので、大幅なカスタマイズは難しい側面がありますが、クリニックの実情にあわせて初期設定を使いやすいようにカスタマイズすることは可能です。一般的には、診療フローや帳票レイアウトに合わせてシステムをカスタマイズする場合、その内容や規模に応じて追加費用が発生する場合があります。カスタマイズ費用を抑えるポイントは、業務の見直しや改善も考慮しながら、標準機能を最大限利用することです。

サポート体制・メンテナンス

サポート費用は、月額費用に含まれている場合と別途契約が必要な場合があります。導入後の操作説明、トラブルシューティング、定期メンテナンスなど、サポート体制の内容も月額費用に影響します。

オンプレミス型では、サーバーを含むハードウェアの保守やソフトウェアのアップデート管理など、保守契約内容（対応時間、対応範囲、オンサイトサポートの有無など）を確認することが重要です。

クラウド型では、システムのアップデートやメンテナンスは一般的にベンダー側で行われますが、サポート品質はしっかり確認しておきましょう。

サポート体制やメンテナンスについては、費用面だけでなく、クリニック側の実務上の負担という点で検討する必要があります。自院のITスキルや緊急時のニーズに応じて、適切なサポートプランを選ぶことが大切です。

端末のリプレイス

オンプレミス型もクラウド型も、電子カルテ端末（ハードウェア）の耐用年数は一般的に5～7年とされます。この期間を過ぎると端末自体のリプレイスが必要となり、新たに費用が発生します。また、保守期間が満了となった場合は一般的に延長が必要です。長い目でみて、トータルコストを考慮しておくことが肝心です。

別の電子カルテにデータ移行するための費用

すでに電子カルテを導入していて、別メーカーの製品に乗り換える際には、既存データの移行費用が発生します。この費用は、データの内容や量、新旧システム間でのデータ互換性などによって大きく変動するので、あらかじめ確認しておきましょう。

患者基本情報や保険情報、レセプトデータなどはどのシステムでも同じような形式で保存されていることが多く、比較的移行しやすい傾向があります。一方で、カルテデータ本体はデータ互換性の有無によって移行の可否が異なります。ただし、データの移行自体ができない場合もあります。移行可能なデータの範囲や形式など、費用対効果を慎重に検討しましょう。将来的な乗り換えの可能性も視野に入れたデータエクスポート機能の範囲や費用についても、検討材料となります。

電子カルテ導入費用を抑えるためのポイント

電子カルテ導入は大きな投資ですが、さまざまな工夫によって費用をある程度抑えることが可能です。電子カルテ導入費用を抑えるための主なポイントを4つご紹介します。

予算の上限を明確にする

まずは、システムや機能など、費目ごとに具体的な予算の上限を明確にしておくことが不可欠です。カスタマイズ費用やライセンスを含めた電子カルテシステムの導入費用のほか、導入後に毎月必要となる月額費用も予算を決めておきましょう。特に月額費用は、開業後のクリニックの財政状況にも関わってきます。

複数の見積もりを取得する

複数のベンダーから見積もりを取得し、比較検討することが重要です。価格設定や提供サービスの違いを明確にすることで、自院のニーズや予算感に最もマッチしたシステムを選定できます。初期費用や月額費用の内訳、機能、サポート範囲、契約期間や解約条件などを確認し、自院のニーズに見合う実質的な価値を見極めることが肝心です。予算超過した提案には、機能の絞り込みや代替案を依頼してみましょう。

助成金や補助金の活用を検討

国や地方自治体は、中小企業や医療機関のIT化を支援するためのさまざまな助成金・補助金制度を設けています。ただし、補助金の多くは導入後の交付となるため、一時的に全額を立て替える資金計画が必要です。

長期的なコストを考慮した選択

電子カルテは長期間利用するシステムです。運用コスト、システム耐用年数、将来的な拡張性やサポート体制なども含めた総所有コスト（TCO）で判断することが重要です。安価であっても、操作性やサポートが不十分なシステムは業務効率低下やストレス増加につながり、結果的に人件費などの間接的なコスト増を招く可能性があります。また、スタッフ増員、分院展開など将来的な成長に対応できる拡張性や柔軟性も重要な選択基準となります。

電子カルテ導入に関連する補助金

電子カルテ導入の費用負担を軽減するために活用できる代表的な補助金として、「IT導入補助金」があります。経済産業省・中小企業庁によって2017年からスタートした取り組みであり、その内容は毎年見直されています。※1

IT導入補助金制度の概要

IT導入補助金は、中小企業・小規模事業者等が労働生産性の向上に資するITツール（ソフトウェア、サービス等）を導入する際に、経費の一部を補助する制度です。※1、2

申請対象となる中小企業には医療法人（従業員300人以下）も含まれており、電子カルテも業務効率化に貢献するITツールとして補助対象となることがあります。※3、4

IT導入補助金の申請枠にはさまざまな種類があります。ここでは、IT導入補助金2025（通常枠）について解説します。

IT導入補助金2025（通常枠）概要

項目	内容
目的	中小企業・小規模事業者等の労働生産性の向上を目的としたITツールの導入支援
対象事業者	中小企業・小規模事業者等（医療法人含む、従業員数要件あり）
補助対象	ソフトウェア（購入費、クラウド利用料最大2年分） オプション（機能拡張、データ連携ツール、セキュリティ） 役務（導入コンサルティング・活用コンサルティング、導入設定・マニュアル設定・導入研修、保守サポート）
ITツールの要件	指定の業務プロセスを1種類以上（高額申請は4種類以上）含むこと
補助率	1/2以内（賃上げ目標達成度*により最大2/3以内） *3か月以上地域別最低賃金+50円以内で雇用している従業員が全従業員の30％以上であることを示した場合の補助率は、2/3以内
補助上限額	1プロセス以上: 5万円以上450万円未満 4プロセス以上: 150万円以上450万円以下

出典： IT導入補助金2025. 申請枠・申請類型 通常枠 をもとに作成 ※5

なお、当社製品の場合、補助上限額は「1プロセス以上（5万円以上450万円未満）」に該当します。

申請には、IT導入支援事業者として登録されたベンダーと共同で事業計画を策定し、申請手続きを行う必要があります。※6

IT導入支援事業者の選定は、補助金採択の重要なポイントとなるため、導入したい電子カルテを取り扱っており、かつ申請実績が豊富な事業者を選ぶことが推奨されます。

IT導入補助金以外にも、オンライン資格確認システムの導入や電子処方箋の導入に対する補助金制度が存在する場合があります。これらの補助金情報は変更されることが多いため、厚生労働省や関連省庁、自治体の公式サイトで最新情報を確認することが大切です。

ユヤマの電子カルテの特徴

「初期費用を安く抑えられると思ったのに、データ移行や医療機器連携の追加費用がかさんでしまった……」
「開業当初と比べて導入台数が増えたので、保守料金の負担が増えている……」
「法改正対応やトラブル時の対応など、サポート面で満足できていない……」

電子カルテの導入にあたって、このような課題に悩まれているクリニック様も少なくありません。適正な導入費用を見極めるためには、単に値段を比較するだけでなく、導入後の対応やサポート体制も考慮してさまざまな視点から検討する必要があります。

当社では、これらの課題を解決できる無床診療所様向け電子カルテシステム「BrainBox」シリーズを提供しております。当社製品の導入費用の特徴と、サポート体制についてご紹介します。

導入費用の特徴

当社のBrainBoxシリーズは、システムが最初から組み立て済みなので、初期費用においてネットワーク構築費やシステム構築費はかかりません。また、以下の追加費用も基本的には発生いたしませんのでご安心ください。

• 初期設定関連のサポートは、基本的に追加費用をいただいておりません
• 当社でご用意するハードウェアは、5年間の保証範囲内の故障は無償対応
• データ移行に関する別途費用は発生しない（ただし、データの移行自体ができない場合もあります）
• 医療機器連携のための別途費用は、大半の場合は発生しない

さらに、保守料金は契約ごとであり、端末ごとにはかからないのも当社製品の特徴です。そのため、ひとつのクリニック様において何台導入いただいても、保守料金は一律です。なお、保守料金には「法改正対応」や「都道府県や市町村の条例改正・新設に伴う公費対応」にかかる料金がすべて含まれています。

• オンプレミス型電子カルテ「BrainBoxV-Ⅳ」の場合
  ……導入台数に関係なく、途中で台数が増えても月額費用は一律
• クラウド型電子カルテ「BrainBox CloudⅡ」の場合
  ……BrainBoxV-Ⅳと同様の保守料金に加えて、接続端末の台数に応じてクラウド利用料が発生

このように、当社のBrainBoxシリーズは、初期費用および運用コスト、将来的な拡張性も含む総所有コスト（TCO）という視点で見れば非常にコストパフォーマンスが高い製品であり、多くのクリニック様にご満足いただいております。

サポート体制の特徴

開業前の操作説明には、知識豊富なインストラクターがクリニック様を訪問いたします。開業後3日間は、終日現地にて立ち会わせていただき、スムーズな診療をフォローいたします。

さらに、当社ではクリニック様ごとに専任営業を配置し、万全のサポート体制を提供しています。導入後も同じ担当者が責任を持ってクリニック様に寄り添い、日々の運用を伴走しながらサポートいたします。以下は、当社で対応可能な事例の一例です。

• ネットワーク関連のトラブルや整理、セキュリティ関連、連携機器に関するご相談
• オンライン請求や返戻レセプトの操作方法などの包括的なフォロー
• 法改正や診療報酬改定に関する情報提供　など

全国のアフターサービス拠点やコールセンターだけでなく、専任営業を配置できる当社ならではのサポート体制も、多くのクリニック様にご評価いただいているポイントです。

電子カルテ導入費用に関するFAQ

Q1: 電子カルテ導入の予算を考えるにあたって、注意すべきことは何ですか？

A: 電子カルテの導入費用だけでなく、月々発生する保守料金の運用コストや医療機器連携によって発生する費用なども考慮しましょう。見積上の導入費用が安価であっても、月々の保守料金が高額だったり、医療機器連携のための別途費用が上乗せされたりして、トータルの費用が高くなってしまう場合があります。特に、電子カルテの導入台数が多い場合や今後端末を増やす可能性がある場合は、長期的に見た運用コストをふまえて予算を検討しましょう。
※当社では、他社の医療機器と連携する際の費用は、大半の場合は発生いたしません。

Q2: 自院で用意したPCを使うこともできますか？ OSの制限はありますか？

A: 当社のBrainBoxシリーズの場合、クリニックでご用意いただいたPCをお使いいただくことも可能です。ただし、市販品をご利用の場合、故障時等は一般的に購入元や修理サービスへの持ち込み修理が必要となるためご注意ください。

• フル機能版（WindowsOS (Windows 10 Pro 以上) に限る）
• 簡易Webカルテ版（MacOSでも可）

※全機器構成における一部の端末は当社で準備させていただきます。当社のクラウド型電子カルテはアプリケーションで動作しますので、対応する推奨端末（WindowsOSのデスクトップやノートPC）もあわせて販売しております。端末の保守費用は、当社のオンプレミス型電子カルテと同様、月額料金に含まれます。当社でご用意する機器は市販されていない法人向け製品であり、市販品と比較して単価は高くなりますが、故障時等における導入後5年間のオンサイト保守（現地訪問での無償修理）などが付属されています。

Q3: 医療クラークに電子カルテの代行入力をしてもらうためには、PCを追加で1セット導入する必要がありますか？

A: 基本的には、モニター・キーボード・マウスのみを追加いただければ、医師と同じ画面を映しながら医療クラークが操作することができます。ハードウェアで最も費用を要するデスクトップPCは省略可能です。

Q4: 電子カルテ導入の際、最も安く済むのはどのようなケースですか？

A: 一般的に、クラウド型の電子カルテでカスタマイズをせず標準機能のみを利用し、必要なライセンス数を最小限に抑え、データ移行や特別な研修が不要な場合は、低価格で導入できると考えられます。また、当社のオンプレミス型電子カルテのように、高機能かつ費用を安く抑えた製品も近年登場しています。導入費用の安さだけで選ぶと、将来的に機能不足やサポート面で不満が生じる可能性もあります。自院のニーズを明確にし、予算とのバランスを取ることが重要です。

Q5: 見積もり以外に、後から追加で発生しやすい費用はありますか？

A: 一般的には、データ移行費用（ただし、データ移行自体ができない場合もあり）や追加の操作研修、特定の帳票や機能のカスタマイズ費用がかかる場合があります。ほかには、オンプレミス型の場合の予期せぬハードウェア故障に伴う修理費などが考えられます。これらの費用が発生する可能性について、契約前にベンダーに確認することが大切です。

※当社では、初期設定関連は基本的に追加費用はいただいておりません。また、当社でご用意するハードウェアは、5年間の保証範囲内の故障は無償対応いたします（ユーザー様責任による故障の場合を除く）。

Q6: 費用以外に、電子カルテ選定で重視すべきポイントは何ですか？

A: 電子カルテシステムの操作性は、デモンストレーションやトライアルで確認しておきましょう。サポート体制の充実度と対応の迅速性、セキュリティ対策の信頼性、ベンダーの信頼性や導入実績なども重要です。特に、将来的なクリニックの規模拡大や機能追加への拡張性、法改正や診療報酬改定への対応力は、長期的な運用コストや業務効率にも影響します。

※当社では、「労災・自賠責」への対応は標準装備です。また、「地方公費」対応への追加費用も発生しません。

Q7: 補助金申請は難しいですか？ 自院でもできますか？

A: IT導入補助金などの申請は、IT導入支援事業者との連携が必須となる場合が多く、手続きもやや複雑です。多くのIT導入支援事業者は申請サポートの経験が豊富ですので、まずは相談してみることをおすすめします。専門家のサポートを受けることで、補助金採択の可能性を高めるとともに、先生ご自身の申請にかかる負担を軽減できます。

※当社では、医療機関様が申請される際のご案内やフォローを承っております。

電子カルテの導入は総所有コスト（TCO）を考慮しよう

電子カルテ導入はクリニック経営における重要な意思決定であり、その費用はさまざまな要因によって変動します。重要なのは、初期費用だけでなく、運用コストや将来的な拡張性まで含めた総所有コスト（TCO）を見据えることです。自院の規模や診療スタイル、将来の展望に最適なシステムを選定することが、後悔のない電子カルテ導入につながります。

参考資料

※1 経済産業省. 中小企業庁. 中小企業向け補助金・総合支援サイト ミラサポplus. 中小企業庁担当者に聞く「IT導入補助金2025」
※2 IT導入補助金2025. IT導入補助金制度概要.
※3 IT導入補助金2025. 申請の対象となる方.
※4 IT導入補助金2025. ITツール活用事例. 【医療業】医療法人社団SED.
※5 IT導入補助金2025. 申請枠・申請類型 通常枠.
※6 IT導入補助金2025. 新規申請・手続きフロー詳細