2025.04.25電子カルテ

電子処方箋のメリット・デメリットとは？開業医が知っておくべき導入の具体的な手順や活用できる補助金について解説

従来の処方箋は紙媒体で発行され、患者がそれを薬局に持参して処方薬を受け取る形式が一般的でした。

紙の処方箋は手軽に内容を確認できるという利点がある一方で、手書きの場合には視認性が低下したり、記入漏れや転記ミスが発生したりするリスクがあります。さらに、紛失や第三者に処方内容を見られるといった情報漏洩のリスクも懸念されます。こうした課題を背景に、電子処方箋の導入が徐々に進んでいます。

電子処方箋は、これらのリスクを軽減し、患者の利便性を高めるとともに、医療機関と薬局間の情報伝達を効率化できる点が注目されています。

本記事では、電子処方箋の仕組みと普及率の状況、クリニック・薬局・患者それぞれのメリットやデメリット、開業時の具体的な導入手順や活用できる補助金について解説します。

電子処方箋とは？

電子処方箋とは、これまで紙で発行していた処方箋を電子化したものになります。

医療機関において患者が服薬情報の提供に同意することで、医師は電子的に処方箋を作成します。その情報が暗号化された形で薬剤師に共有され、安全かつ効率的な調剤が実現されます。

従来の紙媒体の処方箋は、患者が自ら薬局に持参する必要があるため、万が一の紛失や第三者が処方内容を見てしまうリスクが存在します。「紙を薬局に持参する」とはいっても、意外と患者の手間になってしまうものです。

また、患者のなかには忙しくてなかなか医療機関を訪問できない方もいます。原則として、処方箋の使用期間は交付日を含めて4日以内（休・祝日を含む）とされており、それ以降は無効となるため、患者は処方薬を受け取れなくなります。※1

その際は医療機関で再発行してもらわなければならないため、余計な手間が発生してしまいます。電子処方箋の使用期間も紙の処方箋と同様、発行から4日以内（休・祝日を含む）ですが、紙媒体ではないことから持参に要する負担が軽減されます。※2

患者は、会社帰りや帰宅途中に処方箋を受け取れる薬局を訪問して容易に受け取ったり、紙の受け渡しをせずに代理人に受け取ってもらったりすることができます。※3

電子処方箋の導入状況

以下は、2025年7月現在における、クリニック（医科診療所）、および薬局の電子処方箋の導入状況です。※4

導入率推移

	2024年7月	2025年3月	2025年8月
クリニック （医科診療所）	3.7％	16.0%	21.2%
薬局	39.9％	76.5%	84.6%

引用元：デジタル庁. 電子処方箋の導入状況に関するダッシュボード ※4

電子処方箋の導入率はクリニック・薬局ともに向上しています。特に、クリニックの導入率は2024年7月にはわずか3.7％だったのに対し、2025年7月には19.8％と5倍以上に伸びています。

しかし、全体を見れば未導入の施設も多く、特にクリニックにおいては約8割が電子処方箋を導入していません。

電子処方箋の仕組み

電子処方箋は、紙媒体を使用せず、医師が電子カルテから処方情報を入力し、その情報が「電子処方箋管理サービス」を通じて安全に登録・共有される仕組みです。

処方薬の受け取りには、保険の確認に加えて、医療機関で交付される引き換え番号および本人確認のためのマイナンバーカードもしくは資格確認書が必要です。

以下が、診療から処方薬を受け取るまでの流れです。※3

1. 医療機関において、オンライン資格確認システム等による患者の本人確認を実施し、診療を受ける
2. 医療機関が電子処方箋管理サービスに処方箋情報を登録する
3. 患者が薬局を訪問して受付を行うか、任意の方法で事前に引換番号を薬局に伝える
4. 薬局において、オンライン資格確認システム等による患者の本人確認が実施され、電子処方箋管理サービスへアクセスし、処方情報を受け取る
5. 薬剤師は処方薬を渡す際に、患者に対して服薬指導を実施する
6. 処方薬を渡したあと、薬剤師は調剤情報を電子処方箋管理サービスに登録する
7. 登録された調剤情報が医療機関と共有される

引用元：厚生労働省. 電子処方せん（国民向け） ※3

電子処方箋がもたらすクリニックのメリット

電子処方箋の導入は、日々の診療の質向上から業務効率化、さらには患者満足度の向上に至るまで、多岐にわたるメリットをクリニックにもたらします。主なメリットを3つご紹介します。

メリット1. 医療の質と安全性の向上

電子処方箋がもたらす最大のメリットは、リアルタイムかつ正確な情報共有による医療安全の飛躍的な向上です。

従来の服薬管理は紙のお薬手帳や患者の記憶に頼っており、シールの貼り忘れや記載漏れ、記憶の曖昧さなど、情報の欠落や不正確さが常に付きまといました。電子処方箋システムでは、患者の同意があれば、自院だけでなく他院で処方されたものも含め、過去3年分の処方・調剤情報をリアルタイムで確認できます。さらに、処方・調剤時に重複投薬や併用禁忌薬を自動で検知するチェック機能があるため、医師が処方する段階で潜在的なリスクをシステムが警告し、薬に関する事故の防止につながります。※5

このリアルタイムな服薬履歴の共有と自動チェック機能は、個々の医療従事者の注意力に依存した事後的なチェックから、システム全体で安全を担保する事前のチェックへのパラダイムシフトといえます。

メリット2. 業務効率化とコスト削減

デジタル化による業務プロセスの改善は、スタッフの負担軽減とコスト削減に直結します。

ペーパーレス化による消耗品コスト削減

処方箋用紙、印刷用のインクやトナー、プリンターの維持管理費などのコストが削減できます。

管理業務の負担軽減

紙の処方箋の発行、署名・捺印、患者への手渡し、控えのファイリングといった一連の作業が、電子カルテ上のクリック操作で完結します。デジタルデータとして管理することで、法律で義務付けられている3年間の処方箋の控えを保管するスペースも削減できます。

疑義照会の削減

薬局からの問い合わせ（疑義照会）が大幅に減少するため、医師やスタッフの電話対応が減り、本来の医療行為や患者対応により多くの時間を割くことができます。

メリット3. 患者満足度の向上と集患効果

電子処方箋は、患者の「待ち時間の短さ」や「利便性の向上」を実現し、集患効果をもたらします。

待ち時間の短縮

診察後の処方箋発行にかかる待ち時間がなくなり、患者はすぐに会計に進めます。薬局によっては、受付後に電子処方箋のデータを受信して事前に調剤準備を始めるため、薬局での待ち時間も短縮される可能性があります。※3

利便性と自由度の向上

患者は紙の処方箋を持ち歩く負担や紛失のリスクから解放されます。自宅や職場の近くなど、都合の良い場所にある対応薬局を自由に選べるようになり、利便性が向上します。オンライン診療や在宅医療を受ける患者にとっても大きなメリットです。

クリニック開業時の早期導入がもたらす戦略的優位性

特に、これからクリニックを開業する先生にとっては、電子処方箋の導入は未来の成功を左右する重要な戦略的投資といえます。開業当初から電子処方箋対応の電子カルテを導入することで、紙からデジタルへ移行する際に生じるコストや業務の混乱、スタッフの心理的抵抗などを回避できます。最新のデジタルツールを完備した効率的な職場環境は、ITリテラシーの高い若手の医療スタッフにとっても、デジタルサービスを当たり前と考える世代の患者にとっても、ポジティブな印象があるため競争優位性につながります。

さらに、政府は「医療DX令和ビジョン2030」を掲げ、2030年までにほぼすべての医療機関で電子カルテの導入を目指しています。※6

開業時から国の標準規格（HL7 FHIRなど）に準拠したシステムを導入することで、「標準型電子カルテ」や「全国医療情報プラットフォーム」とスムーズに連携でき、制度変更にも柔軟に対応できる、将来性のあるクリニックを設計できます。

電子処方箋を導入することで得られる患者・薬局のメリット

電子処方箋を導入することで、患者と薬局にもさまざまなメリットがあります。

患者のメリット

より安全で質の高い医療の実現

複数の医療機関にかかっている場合でも、重複投薬や危険な飲み合わせをシステムが自動でチェックしてくれるため安心です。※3

また、事故や災害時、旅先での急な体調不良の際も、全国どこの対応医療機関・薬局でも正確な服薬情報が共有されるため、診療の継続性が確保されます。

健康管理意識の向上

マイナポータルを通じて、いつでも自身の処方歴を確認できます。治療歴や調剤情報が蓄積され、健康管理にも役立ちます。※3

時間と費用の節約

薬局に処方箋情報を事前に送付することで、薬局での待ち時間を短縮できる場合があります。チェック機能によって不要な処方が減れば、医療費の負担が軽減される可能性もあります。※3

薬局のメリット

業務効率化とコスト削減

処方箋情報の入力作業が不要になり、入力ミスや判読ミスがなくなります。紙の処方箋のファイリングや保管スペースが不要になり、管理コストの削減にもつながります。※5

薬剤師の専門性を活かした医療安全への貢献

他の薬局の調剤情報も閲覧でき、重複投薬などの自動チェック機能により、調剤時のリスクを事前に把握できます。医師への疑義照会が減少し、より本質的な薬学的管理や質の高い服薬指導に集中できるようになります。※5

また、データは改ざんできないため、処方箋の偽造や不正利用を防止し、さらなる医療の安全性の向上が実現します。

導入前に理解すべき電子処方箋のデメリットと対策

電子処方箋の導入は多くのメリットをもたらす一方で、現実的な課題やデメリットも存在します。特に小規模なクリニックにとっては、これらのハードルを事前に正確に把握し、対策を講じることが成功の鍵となります。

デメリット1. コストと運用の負担

最も大きな障壁は、金銭的・人的コストの負担です。

初期導入費用と維持費

電子処方箋に対応するための電子カルテやレセコンのシステム改修・新規導入、ICカードリーダーなどの周辺機器購入費などがかかります。後述する投資対効果（ROI）の考え方で総合的に評価し、必要に応じて補助金制度の活用も検討しましょう。

業務フローの変更とスタッフ教育

長年慣れ親しんだ業務フローの変更に伴い、すべてのスタッフが新しい操作方法を習得する必要があります。特に、デジタルツールに不慣れなスタッフがいる場合は習熟するまで一時的に業務効率が低下する可能性があります。導入を円滑に進めるためには、丁寧な研修と十分なサポート体制が不可欠です。

HPKIカード（医師資格証）の管理

医師が電子署名を行うためには、HPKIカードが必須となります。申請から発行・発送までに2～3か月程度を要するほか、5年ごとの更新も必要です。計画的に進めることが大切です。※7

デメリット2. 普及率と相互運用性の課題

電子処方箋の価値は、多くの医療機関・薬局が参加する「ネットワーク効果」に大きく依存します。しかし、現状では普及率が課題となっています。

普及率が低いことによる導入の遅れ

自院だけが導入しても、患者が利用する薬局が対応していなければ、患者は電子処方箋のメリットを享受できません。結果として紙の処方箋を希望することになり、普及がますます遅れる悪循環が生じます。※8

紙の処方箋との並行運用の煩雑さ

普及途上の段階では、電子処方箋と紙の処方箋を並行して運用する状態が続きます。患者の希望や利用薬局の対応状況に応じて発行方法を使い分ける必要があり、単一の運用に比べて業務フローが複雑化します。

患者の認知度と需要の不足

患者側からの電子処方箋に対する認知度や需要は、まだ低いのが実情です。高齢の患者をはじめ、デジタル機器の操作に不安を感じる層には、丁寧な説明とサポートが求められます。

デメリット3. 院内処方クリニックにおける留意点

院内処方クリニックにとっては、電子処方箋の導入は異なる観点からの検討が必要です。

直接的なメリットの限定性

外部の薬局との情報連携の円滑化は、電子処方箋の主要なメリットのひとつですが、院内処方が中心のクリニックでは直接的な恩恵が少なくなります。

データ登録義務という負担

電子処方箋システムを導入した場合、たとえ院内で調剤する処方であっても、すべての処方情報を電子処方箋管理サービスに登録することが求められます。直接的なメリットが少ないなかで事務作業の負担が増えることになりかねません。

ただし、院内処方クリニックにとって短期的なメリットは少なくても、自院が登録したデータは患者が他の医療機関を受診した際に参照され、医療安全の向上に貢献します。また、将来的に国の医療情報プラットフォームへの参加が標準となった際、スムーズに対応できる体制を整えておくことにもつながります。

デメリット4. セキュリティリスクとシステム障害への備え

利便性の高いデジタルシステムには、常にリスクが伴います。

サイバーセキュリティ対策

患者の機微な個人情報を取り扱うため、情報漏洩のリスクには最大限の注意を払う必要があります。アクセス制限の徹底、データの暗号化、スタッフへのセキュリティ教育といった対策が不可欠です。

システム障害時の業務継続計画（BCP）

ネットワーク障害やサーバーのメンテナンス、システムの不具合などによって、電子処方箋が発行できなくなる可能性があります。このような事態に備え、緊急時には速やかに紙の処方箋発行に切り替えられるような業務継続計画（BCP）を策定し、全スタッフで共有しておくことが極めて重要です。

これらのデメリットや課題は、電子処方箋の価値を否定するものではありません。どのようなハードルがあるのかを理解し、あらかじめ適切に対策を講じることが大切です。

電子処方箋の導入手順・費用・補助金

これから開業されるクリニックの先生方に向けて、電子処方箋の具体的な導入プロセス、費用の内訳、そして負担を大幅に軽減できる補助金や診療報酬上の優遇措置について解説します。

電子処方箋の導入プロセス

電子処方箋の導入は、以下の5つのステップで進めるのが一般的です。

Step 1: オンライン資格確認システムの導入と計画策定

電子処方箋の導入には、オンライン資格確認システムの導入が必須です。まずは、各地方厚生局に連絡し、オンライン資格確認利用申請および電子証明書発行申請を行います。並行して、電子処方箋の導入に向けた全体のスケジュールを計画します。※9、10

Step 2: システム・ベンダーの選定と発注

電子処方箋に対応した電子カルテシステムを選定し、複数のベンダーから見積もりを取ります。機能やサポート体制を比較検討することが重要です。

Step 3: HPKIカード（医師資格証）の申請

電子署名に必須のHPKIカードを、日本医師会電子認証センターへ申請します。申請から発行・発送までには2～3か月程度かかるため、早めに手続きを開始するのがおすすめです。※7

Step 4: システムの導入と利用申請

ベンダーによるシステムの導入作業が完了したら、HPKIカードを読み取るためのICカードリーダーを設置します。物理的な準備が整った後、医療機関等向け総合ポータルサイトを通じて、電子処方箋の利用開始申請を行います。※10

Step 5: 業務フローの設計とスタッフ研修

院内の業務フロー（受付、診察、会計など）を設計し、マニュアルを作成します。研修会を実施し、スタッフの操作方法の習熟を図ります。模擬診療や近隣の薬局との連携によるテスト運用も有効です。

導入費用の内訳と投資対効果（ROI）の考え方

電子処方箋の導入にかかる費用は、主に以下の項目で構成されます。

電子カルテ関連費用

• クラウド型の相場: 初期費用は約10～数十万円、月額利用料は1～数万円程度
• オンプレミス型の相場: 初期費用は200万円～500万円程度、月額費用は2～4万円程度

開業時は電子カルテの費用だけでなく、レセコンや自動精算機など連携によって効果を発揮する機器の導入も含めて、総合的に検討する必要があります。

関連記事：クリニックのための電子カルテ導入費用ガイド：IT導入補助金2025についても解説

HPKIカード発行手数料

• 日本医師会会員は初回および5年ごとの更新ともに無料※7
• 非会員は税込5,500円（マイナポータル経由での申請に限り、当面は無料）※7

周辺機器の費用

• ICカードリーダー（数千円～）
• 必要に応じてPCやネットワーク機器の増設・更新費用

電子処方箋が実現するのは、単に紙代や印刷代の削減といった直接的なコストカットだけではありません。後述する「医療DX推進体制整備加算」による増収効果や、患者満足度向上による増患効果、そして国の政策に準拠し続けることによる将来的なリスク回避といった間接的・戦略的なメリットも踏まえて、投資対効果（ROI）を総合的に評価することが重要です。

活用できる補助金・助成金

電子処方箋の導入にかかる金銭的な負担を軽減するため、国や都道府県は補助金制度を用意しています。これらを活用することで、初期投資を大幅に抑えることができます。

医療情報化支援基金

社会保険診療報酬支払基金が主体となり、システム導入費用の一部を補助しています。クリニック（診療所）の場合、令和7年9月末までに電子処方箋管理サービスを導入する際に、最大194,000円（事業額38.7万円の1/2）が補助されます。なお、リフィル処方箋対応などの新機能を追加導入する場合にも、別途補助制度が設けられています。※11、12

引用元：厚生労働省. 電子処方箋. 医療情報化支援基金等 ※11

都道府県による上乗せ補助

国の補助金に加えて、独自の補助金制度を設けている都道府県もあります。多くの場合、前述した社会保険診療報酬支払基金による補助金の交付決定を受けていることが申請の条件となっており、両方を活用することで、さらに自己負担を減らすことができます。

主要な都道府県におけるクリニック（診療所）向けの補助金制度の例

都道府県	制度名	国の補助金	都道府県の上乗せ補助の上限額（補助率）	合計最大補助額	主な条件
東京都	医療機関における電子処方箋の活用・普及の促進事業 ※13	最大19.4万円	最大9.7万円（費用の1/4）	29.1万円	社会保険診療報酬支払基金の補助金交付決定が前提
大阪府	電子処方箋普及促進事業 ※14	最大19.4万円	最大9.7万円（費用の1/4）	29.1万円	同上
神奈川県	神奈川県医療提供体制推進事業費補助金（電子処方箋の活用・普及の促進事業） ※15	最大19.4万円	最大9.7万円（費用の1/4）	29.1万円	同上

このほかにも、多くの都道府県で同じような補助金が設けられています。なお、上記はクリニックにおいて基本的な電子処方箋を初期導入した場合の例であり、リフィル処方箋などの新機能を同時に導入する際は上限額が異なります。最新の情報は必ず各自治体の公式サイトでご確認ください。

IT導入補助金

電子カルテの新規導入や更新を伴う場合、「IT導入補助金」を活用できる可能性があります。クリニックの規模や条件によっては有力な選択肢となります。

関連記事：電子カルテ導入の費用負担を大幅軽減！IT導入補助金2025の対象や申請手順を解説

診療報酬改定の影響

電子処方箋の導入は、もはや単なるコストや業務効率の問題ではありません。令和6年度の診療報酬改定により新設された「医療DX推進体制整備加算」は、オンライン資格確認や電子処方箋といった医療DXの基盤を整備している医療機関を評価するもので、初診時に算定できます。施策導入からこれまでに複数回にわたって見直しや調整が行われており、電子処方箋を導入しているか否かで算定できる点数に明確な差が設けられました。電子処方箋を導入しないことが、直接的な減収につながるといえます。※16

厚生労働省. 医療DX推進体制整備加算等の要件の見直しについてを加工して作成 ※16

電子処方箋の導入はクリニックの収益に直結する重要な経営判断のひとつ

本記事では、電子処方箋の導入状況やメリット・デメリット、具体的な導入手順や補助金について解説しました。
電子処方箋は、医療機関において患者が服薬情報の提供に同意することで発行される、電子データの処方箋です。クリニックはもちろん、患者や薬局にとってもさまざまなメリットがあり、政府が掲げる医療DXにおいても重要といえます。また、電子処方箋の導入は、クリニックの収益に直結する重要な経営判断でもあります。本記事が、クリニックの開業にあたって電子処方箋の導入を検討する参考になれば幸いです。

参考資料

※1 厚生労働省. 処方箋の使用期間にご留意ください.
※2 厚生労働省. よくある質問～電子処方箋について～ 令和7年2月版.
※3 厚生労働省. 電子処方せん（国民向け）。
※4 デジタル庁. 電子処方箋の導入状況に関するダッシュボード.
※5 厚生労働省. そうだったのか、電子処方箋【医療機関・薬局の皆さまへ】.
※6 厚生労働省 医政局. 医療DXの更なる推進について.
※7 日本医師会 電子認証センター. 医師資格証（HPKIカード）新規お申込み 申請の概要.
※8 厚生労働省 医薬局. オンライン資格確認の次は電子処方箋！～いま、進めよう～。
※9 医療機関等向け総合ポータルサイト. 新設医療機関等において必要となるオンライン資格確認導入手続きについて.
※10 医療機関等向け総合ポータルサイト. 電子処方箋導入に向けた準備作業の手引き（1.4版）
※11 厚生労働省. 電子処方箋. 医療情報化支援基金等.
※12 社会保険診療報酬支払基金. 医療情報化支援基金等.
※13 東京都 保健医療局. 医療機関における電子処方箋の活用・普及の促進事業
※14 大阪府. 電子処方箋普及促進事業の実施について
※15 神奈川県. 電子処方箋の活用・普及促進事業について.
※16 厚生労働省. 医療DX推進体制整備加算等の要件の見直しについて.

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