電子カルテ情報共有サービス完全ガイド：義務化の真相・補助金活用・経過措置までを網羅的に解説

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電子カルテ情報共有サービスは、医療DX推進のために政府が打ち出している「全国医療情報プラットフォーム」の仕組みのひとつです。単なる医療情報の電子化に留まらず、医療提供体制全体の質と効率を飛躍的に向上させるための戦略的なツールであり、先生方のクリニック経営と地域医療連携にとって不可欠な基盤となることが見込まれています。

本記事では、電子カルテ情報共有サービスについて、導入の義務化の真実や診療報酬との具体的な関連性、経過措置の最新情報、クリニック経営におけるメリットや補助金の活用などを網羅的に解説します。

全国医療情報プラットフォームとは

近年、政府主導で急速に推進されている医療DX（デジタルトランスフォーメーション）の中核となるのが、「全国医療情報プラットフォーム」の整備です。

全国医療情報プラットフォームの役割

患者の医療関連情報はこれまで、医療機関だけでなく介護施設や公衆衛生機関、自治体などが個別に保存・管理しており、いわゆるデータサイロ化されていました。全国医療情報プラットフォームは、それらの個別の患者の医療関連情報をひとつに集約し、閲覧・共有・管理するための新しいシステムとして構想されています。※1

電子カルテ情報共有サービスは、電子処方箋管理サービスやオンライン資格確認等システムと同じく、全国医療情報プラットフォームを構成する仕組みのひとつです。患者の診療情報を電子的に全国の医療機関や薬局などで共有するための基盤として設計されました。診療情報が円滑に連携されることで、医療の質の向上や平時の業務効率化だけでなく、緊急時や災害時においても迅速かつ安全に医療が提供されることが期待されています。※1

引用元：厚生労働省. 令和6年版厚生労働白書. 図表5-1-1　全国医療情報プラットフォームの全体像（イメージ）※1

電子カルテ情報共有サービスの具体的なサービス内容

電子カルテ情報共有サービスが提供する主なサービス内容は以下の通りです。※2

1. 診療情報提供書の電子共有（退院時サマリーは診療情報提供書に添付して共有）
2. 各種健診結果の共有（医療保険者、全国の医療機関等、本人等が閲覧可能）
3. 患者の6情報の共有（全国の医療機関等、本人等が閲覧可能）
4. 患者サマリー（療養指導情報等）の閲覧（本人等がマイナポータルで閲覧可能）

引用元：厚生労働省. 電子カルテ情報共有サービス ※2

3文書6情報とは

電子カルテ情報共有サービスによって標準化・共有される医療データセットは、「3文書6情報」として定義されます。これらは、医療連携の質を高め、患者安全を確保するための基礎情報です。

3文書には、以下の3種類があります。引っ越しや入退院に伴う医療機関間での引継ぎや、健診結果の情報共有などが可能となります。※2

6情報には、以下の6種類があります。これらの情報が共有されることで、より効果的で効率的な医療提供が可能となります。※2

関連記事：電子カルテにおける3文書6情報とはどのようなものなのか？

国際標準規格「HL7 FHIR」とは

電子カルテ情報共有サービスを実現するための技術標準として、医療情報交換の国際標準規格であるHL7 FHIR（Fast Healthcare Interoperability Resources）への対応が不可欠です。前述の「3文書6情報」をHL7 FHIRに準拠した形式で保存・共有することで、異なるメーカーの電子カルテを使っている医療機関同士でもデータの相互運用性が確保されます。

開業にあたって電子カルテの導入を検討されている場合は、将来的な医療DXの基盤となるFHIR規格への移行を見据えて、システムを選定することをおすすめします。

電子カルテ情報共有サービスが患者にもたらすメリット

電子カルテ情報共有サービスの導入は、患者中心の医療提供体制への移行を象徴しており、患者にとってもさまざまなメリットがあります。

1. 医療安全の確保

過去の病歴、アレルギー、薬剤禁忌といった「6情報」を全国どこでも迅速に参照できるため、重大な薬剤アレルギーの回避や重複投薬のリスク軽減につながります。

2. 書類管理や重複検査などの負担軽減

診療情報提供書（紹介状）が電子的に共有されるため、患者が紙の紹介状を管理し持参する手間が解消されます。また、過去の検査情報や傷病名を参照することで、重複した問診や検査を避けることができ、患者の時間的・身体的な負担が軽減します。

3. 予防医療や早期治療に対する意識向上

患者自身がマイナポータルを通じて、健診結果や医師から提供された療養指導情報にアクセスできます。これにより、自身の健康状態を深く理解し、疾病予防や早期治療への意識を高めることにつながります。

制度導入の全体像：いつから、義務化、そして診療報酬上の経過措置

電子カルテ情報共有サービスの具体的な運用スケジュールや、診療報酬上の経過措置について解説します。

モデル事業と今後の段階的導入スケジュール

2025年（令和7年）2月より、愛知県の藤田医科大学（および関連3医療機関）で、電子カルテ情報共有サービスのモデル事業が開始されました。他の地域でもモデル事業が順次始まっており、サービスの有効性や運用上の課題が検証されています。※3

電子カルテ情報共有サービスの本格的な運用開始時期は、2025年度内（令和8年3月末まで）と定められています。

引用元：厚生労働省. 医療DXの進捗状況について ※3

一方で、政府が進める標準型電子カルテ（HL7 FHIR規格に対応したシステム）の開発については、効果検証の結果を踏まえて提供スケジュールが見直されました。厚生労働省は標準型電子カルテの2026年度中の完成を目指すとしており、経済財政諮問会議がまとめた「改革実行プログラム2024」によると、2027年度から標準型電子カルテの本格版の提供を目指す方針が示されています。※4、5

導入は義務化されていないが診療報酬で評価される仕組み

電子カルテ情報共有サービスそのものの導入は、現時点では義務化されていません。政府は医療機関の種別や規模に応じた負担軽減を考慮し、医療DXの段階的な推進を選択しています。

しかし、導入が義務化されていないとはいえ、本サービスへの対応は診療報酬の算定に影響を及ぼします。具体的には、「医療DX推進体制整備加算」の算定要件のひとつに「電子カルテ情報共有サービスを活用する体制を有していること」が挙げられています。

引用元：厚生労働省. 医療DX推進体制整備加算の見直し（令和7年10月以降） ※6

これは、政府が強制ではなく、診療報酬という経済的なインセンティブを駆使して医療DXを促進していることを示唆しています。医療DX方針に沿ったシステムを導入しないことはクリニックの収益機会の損失につながるため、経営上の合理的な判断として能動的な対応が求められます。
なお、医療DX推進体制整備加算における電子カルテ情報共有サービスを活用体制という要件は、中央社会保険医療協議会の発表により2025年（令和8年）5月31日まで延長されました。※7

この経過措置期間が終了するまでに電子カルテ情報共有サービス活用体制を整備していないクリニックは、2026年6月1日以降は当該加算の算定要件を満たせなくなるため、この日が事実上のデッドラインといえます。マイナ保険証の利用率など、他の算定要件も経過措置は順次終了することから、政府が掲げる医療DX方針への迅速な対応が求められています。

関連記事：令和7年10月改正！医療DX推進体制整備加算について

政府のスケジュール見直しや経過措置期間の延長は戦略的な準備期間

標準型電子カルテの提供スケジュールの見直しや医療DX推進体制整備加算の経過措置期間の延長は、これから医療DX対応に取り組む先生方にとっては、戦略的な準備期間が生まれているととらえることができます。

短期的な対応としては、ベンダーと連携して電子カルテ情報共有サービスの利用開始に必要な最低限のシステム改修を完了させ、診療報酬上のインセンティブとして医療DX推進体制整備加算の算定要件を満たすことを目指すのがよいでしょう。また、長期的な戦略としては、補助金等を活用しながらHL7 FHIR対応に積極的なベンダーを選定し、システム投資を計画的に進めることが考えられます。

クリニックの業務効率化と安全性向上：電子カルテ情報共有サービスの導入がもたらす実務的メリット

電子カルテ情報共有サービスの導入は、日々の診療業務の効率を飛躍的に高めます。電子カルテ情報共有サービスの導入がもたらすメリットの例を4つご紹介します。

メリット① 問診や検査の重複を防ぎ効率化

6情報を他院での診療履歴も含めて参照できるようになることで、問診を効率化できます。初診時や紹介患者の受け入れ時には、他院で行った血液検査や画像検査などの重複を防ぐことにもつながります。不必要な検査費用の削減、患者の負担軽減、医療機関側の事務手続きの簡素化と時間短縮などが実現します。

メリット② 紙書類の作成や管理にかかる事務負担の軽減

紙の紹介状や検査結果を郵送・持参する代わりに電子的に共有できるため、事務作業の効率化や手書き書類に伴う事務負担やミスの減少が期待できます。また、院内のペーパーレス化が進むことで、コスト削減や保管スペースの節約などにもつながります。

メリット③ 救急・災害時における即時情報閲覧

本サービスがもたらす最大の臨床的メリットは、緊急時の医療安全確保です。

救急患者の受け入れや意識不明患者の診察において、患者の同意のもと、6情報を全国どこからでも即座に参照できます。これにより、迅速かつ正確なリスク評価が可能となり、アレルギーによるショックや禁忌薬の投与といった重大な医療事故のリスクを軽減できます。大規模災害時には、避難先の医療機関においても途切れることなく質の高い医療を提供するための基盤となります。

メリット④ 薬局をはじめとする地域医療連携の強化

処方情報や薬剤禁忌といった6情報を薬局と共有することで、薬局側が患者の過去の投薬歴やアレルギー情報を把握した上で調剤や服薬指導を行うことができるようになります。クリニックが把握しきれていなかった多剤併用（ポリファーマシー）のリスクや、薬の相互作用のリスクの早期発見にもつながります。

また、他の医療機関との情報共有は、チーム医療による質の高いケアや多職種連携の円滑化につながり、地域で患者を支える体制を構築できます。これらの連携強化は、医療の質および安全性の向上につながります。

【導入支援】クリニックが活用できる補助金制度の全体像

電子カルテ情報共有サービスの導入にあたり、国や自治体は電子カルテの導入費用やシステム改修費用に対する補助金制度を用意しています。

IT導入補助金

経済産業省・中小企業庁が実施している、中小企業・小規模事業者のDX推進を支援するための補助金です。申請対象の中小企業には医療法人（従業員300人以下）も含まれており、クリニックも対象となります。電子カルテシステムもDX推進に関わるITツールに該当し、ソフトウェア購入やクラウド利用料等に対して原則1/2以内（賃上げ目標達成度の条件を満たせば最大2/3以内）の補助を受けることができます。※8

関連記事：クリニックのための電子カルテ導入費用ガイド：IT導入補助金2025についても解説

医療情報化支援基金等

国の交付金を原資として、各都道府県等が設置する基金からの補助制度もあります。例えば、東京都の「診療所診療情報デジタル推進事業」は、東京都内において医科診療所を開設する者を対象に、電子カルテシステムの導入や他システムとの連携などにかかる費用を支援しています。※9、10
補助金制度の名称や公募内容は自治体によって異なります。開業予定の地域でも、医療DX推進を補助する制度が用意されていないか、一度情報を確認しておくと安心です。

この他にも、社会保険診療報酬支払基金が実施する「医療提供体制設備整備交付金」がありますが、こちらは原則として病院（20床以上）が対象となっています（診療所は対象外）。※11

補助金の対象や交付額については、医療機関の種別（病院、クリニック）や病床規模、年度によって異なる場合があるので、最新情報を確認するようにしてください。

補助金申請とサービス利用申請の順番と注意点

補助金制度を活用する上で最も重要な注意点は、申請の順番です。補助金は、システムの発注や電子カルテ情報共有サービスの利用申請を行う前に、計画的に申請する必要があります。申請手順は補助金ごとに異なりますが、大まかな流れは以下の通りです。

補助金申請手続きの大まかな流れ

1. ベンダーへの見積もり依頼

サービスの利用に必要なシステム改修費用について、電子カルテベンダーに見積もりを依頼します。

2. 補助金の申請

補助金申請の期限と条件を確認し、必要な書類を揃えて申請します。IT導入補助金の場合、GビズIDプライムの取得やSECURITY ACTIONの自己宣言などの事前準備も必要です。

3. 交付決定

事務局による審査を経て採択されると、補助金の交付決定通知が届きます。

4. システム改修・発注

交付決定後、ベンダーへ発注し、改修に着手します。なお、IT導入補助金の場合は、交付決定通知を受ける前の発注・契約・支払いは補助対象とならないので注意してください。

5. 電子カルテ情報共有サービス利用申請

システム改修の完了に合わせて、サービス利用申請を行います。「電子カルテ情報共有サービスにおける利用申請書」に必要事項を記入し、支払基金の担当者宛にメールにて送付します。利用申請の登録には1週間程度かかるとされています。詳しくは、医療機関等向け総合ポータルサイトをご確認ください。※12

電子カルテ情報共有サービスの課題

電子カルテ情報共有サービスは、医療機関にも患者にも多くのメリットをもたらしますが、導入・運用にあたっては乗り越えなければならない課題もあります。主な課題を5つ解説します。

1. 電子カルテの普及率

電子カルテ情報共有サービスがその効果を最大限に発揮するには、できるだけ多くの医療機関等に電子カルテが普及し、地域間での連携体制が構築されている必要があります。
厚生労働省が行った調査では、令和5年（2023年）時点の電子カルテ普及率は、一般病院全体で65.6％でした。400床以上の大規模病院では93.7％と非常に高い普及率を誇る一方、200床未満の病院では59.0％、一般診療所では55.0％に留まっています。※13
電子カルテ情報共有サービスの本格的な運用開始に向けて、さらなる電子カルテの普及が望まれます。

関連記事：電子カルテ普及率の最新動向：導入のメリットと課題、医療DX推進について解説

2. 患者の同意取得とプライバシー保護

医療情報の共有・閲覧には、患者ご本人の同意が必須です。オンライン資格確認システムを用いた情報閲覧では、マイナンバーカードを介して毎回同意を得る必要があります。マイナンバーカードの利用に不慣れな患者層への説明や、同意を拒否された場合の対応などが課題といえます。事務スタッフが患者に丁寧に説明し、同意を取得する手順を確立することが大切です。

3. システム投資と補助金申請の煩雑さ

前述の補助金制度を活用した場合も、電子カルテ導入やシステム改修に伴う費用の一部はクリニック側が負担します。また、補助金申請のための煩雑な手続きも、先生にとって負担となる可能性があります。導入したい電子カルテを取り扱っており、かつ申請実績が豊富なIT導入支援事業者を選ぶことが成功の鍵です。

4. 非導入による競争リスク（機会損失）

電子カルテ情報共有サービスへの対応は義務化されていないとはいえ、対応の遅れは診療報酬上のインセンティブを逃すおそれがあります。また、地域の医療情報連携に対応した他の医療機関と比べて機会損失が生じる可能性もあります。

5. セキュリティ対策

医療情報を扱うことから、導入するクリニックには厳格なセキュリティ対策が求められます。「医療情報システムの安全管理に関するガイドライン（第6.0版）」に準拠するほか、院内ネットワークの見直しやソフトウェア更新の管理、職員への研修など、人的・技術的両面のセキュリティ強化が必要です。

医療DXの推進をサポートするユヤマの電子カルテの特徴

「クリニック開業にあたって、国の医療DX方針にきちんと対応した電子カルテシステムを導入したい」
「オンライン資格確認はもちろん、電子カルテ情報共有サービスにも迅速に対応したい」

前述の「医療DX推進体制整備加算」をはじめとする診療報酬上のインセンティブの例を見ても、国の医療DX方針に迅速に対応することはクリニック収益の機会損失を避けることにつながります。将来的な制度の変更や診療報酬改定にも柔軟に対応でき、十分なサポート体制を有している電子カルテシステムを選定することが、クリニック経営を成功させる鍵といえます。
当社が提供する無床診療所様向け電子カルテ「BrainBoxシリーズ」は、医療DXの波に乗り遅れることなく、先生方のクリニック経営を強力にサポートします。

オンライン資格確認システムとの連携が可能

電子カルテ情報共有サービスは、オンライン資格確認システムネットワークを通じて患者の同意を得ることで、医療情報を共有・閲覧できます。当社の「BrainBox」シリーズは、電子カルテ情報共有サービスの前提である「オンライン資格確認システム」との連携が可能です。

クリニック様ごとに専任営業を配置

クリニック様ごとに専任営業を配置する当社のサポート体制は、多くのクリニック様にご評価いただいています。

オンライン資格確認システムとの連携にあたっては、運用方法のご説明、アカウント登録やオンライン請求の届出、オンライン資格確認、電子処方箋の利用申請フォローなどを丁寧にサポートいたします。

開業前のご説明はもちろん、開業から3日間は知識豊富なインストラクターが訪問し、立ち会わせていただきながらスムーズな診療を支援します。開業後も専任営業が責任を持ってクリニック様に寄り添い、日々の運用に伴走いたします。

▶ まずはオンラインデモで、実際の操作感やサポート体制をご体験ください。

電子カルテ情報共有サービスは医療の質の向上や業務効率化に貢献する

本記事では、電子カルテ情報共有サービスについて、制度の全体像やクリニックにとってのメリット、導入を支援する補助金制度などを網羅的に解説しました。

全国医療情報プラットフォームの一角を担う電子カルテ情報共有サービスは、2025年度内に本格的な稼働が予定されています。「医療DX推進体制整備加算」の要件のひとつにもなっているため、電子カルテ情報共有サービス活用体制を整備して診療報酬上のインセンティブを活用することが、クリニックの持続的な成長に不可欠といえます。これからクリニックを開業する先生方は、補助金の活用も含め、HL7 FHIRに対応した電子カルテシステムの導入を検討されるのがよいでしょう。

参考資料

※1 厚生労働省. 令和6年版厚生労働白書. 図表5-1-1 全国医療情報プラットフォームの全体像（イメージ）
※2 厚生労働省. 電子カルテ情報共有サービス.
※3 厚生労働省. 医療DXの進捗状況について.
※4 厚生労働省. 電子処方箋・電子カルテの目標設定等について.
※5 経済財政諮問会議. 経済・財政新生計画改革実行プログラム2024.
※6 厚生労働省. 医療DX推進体制整備加算の見直し（令和7年10月以降）.
※7 厚生労働省. 個別改定項目について 医療DX推進体制整備加算等の要件の見直し.
※8 IT導入補助金2025. 申請枠・申請類型 通常枠.
※9 社会保険診療報酬支払基金. 医療情報化支援基金等.
※10 東京都保健医療局. 令和7年度診療所診療情報デジタル推進事業.
※11 医療機関等向け総合ポータルサイト. 電子カルテ情報共有サービスの導入に係る補助金.
※12 医療機関等向け総合ポータルサイト. 電子カルテ情報共有サービスの利用申請.
※13 厚生労働省. 電子カルテシステム等の普及状況の推移.

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